原料药厂废水处理分为预处理、生化处理和深度处理三个阶段。
预处理阶段是指对废水处理进行初步处理，主要是去除废水中的大颗粒物和悬浮物，以减轻后续处理设备的负担。
预处理的方法包括筛选、沉淀、过滤等。筛选是通过筛网将废水中的大颗粒物和悬浮物过滤掉，沉淀则是利用重力作用将废水中的沉淀物沉淀到底部，过滤则是通过过滤介质将废水中的悬浮物过滤掉。
生化处理阶段是指利用微生物对废水中的有机物进行降解和转化，使其变成较为稳定的物质。生化处理的方法包活性污泥法、生物膜法、生物接触氧化法等。其中，活性污泥法是废水处理常用的方法之一，它通过将废水与活性污泥混合，利用微生物对废水中的有机物进行降解和转化，后面将有机物转化为二氧化碳和水等较为稳定的物质。
深度处理阶段是指对生化处理后的废水进行进一步处理，以达到排放标准。深度处理的方法包括吸附、膜分离、化等。其中，吸附是一种常用的方法，它通过将废水中的污染物吸附到吸附剂上，从而达到净化废水的目的。膜分离则是利用膜的特殊性质将废水中的污染物分离出来，氧化则是利用氧化剂将废水中的有机物氧化分解。
总之，原料药厂废水处理需要经过预处理、生化处理和深度处理三个阶段，每个阶段都有不同的处理方法和技术以达到净化废水的目的。